Hei,
olen edelleen aikalailla aloitttelija, vaikka olen käyttänyt Linuxia (Ubuntu) parin vuoden ajan. Linuxin omat komennot ovat jääneet vähemmä’lle, koska ajan etupäässä valmisohjelmistoja. Nyt tarvitsen apua. Minulla on kaksi tedostoa, toinen avainnettu kahdella kentällä ja lajiteltu nousevaan järjestykseen. Toisessa ei ole avaimia, vaan pelkästään numerodataa, ilman erottimia, ts. “pötköä”. Nämä ovat ohjelmistotoimittajan asettamia määrityksiä. Yritän jakaa molemmat tiedostot rivivälinumeroilla seuraavasti
cat tk051015.snp | awk ‘NR >= 1 && NR <= 41462 { print }’ >> chr1.snp
cat tk051015.snp | awk ‘NR >= 41463 && NR <= 85896 { print }’ >> chr2.snp
cat tk051015.snp | awk ‘NR >= 85897 && NR <= 122895 { print }’ >> chr3.snp
cat tk051015.snp | awk ‘NR >= 122896 && NR <= 155674 { print }’ >> chr4.snp
…
…
cat tk051015.geno | awk ‘NR >= 1 && NR <= 41462 { print }’ >> chr1.geno
cat tk051015.geno | awk ‘NR >= 41463 && NR <= 85896 { print }’ >> chr2.geno
cat tk051015.geno | awk ‘NR >= 85897 && NR <= 122895 { print }’ >> chr3.geno
cat tk051015.geno | awk ‘NR >= 122896 && NR <= 155674 { print }’ >> chr4.geno
…
…
Nyt käy niin, että jako onnistuu, mutta molempein tulostustiedostotyyppien rivijärjestys on sekaisin. Voisin lajitella ensimmäisen tyypin, koska se sisältää nuo kaksi avainkenttää, mutta toista en pysty, koska sen järjestys on asetettu lähtötiedoston luontivaiheessa ensimmäisen tiedoston mukaiseksi, ilman avaimia. Miksi AWK sotkee järjestyksen ja miten saisin pidettyä alkuperäisen järjestyksen? Jollain muulla komennolla? Kiitos paljon avusta!